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合併比率の算出の過程で、数値を整え易くするために、統合される企業（消失企業）の株主に対し、統合後の企業（存続企業）の株式ではなく現金が支払われる場合があり、これを合併交付金と呼びます。この金額は、スムーズな合併比率の算出を目的としているだけでなく、消失企業の最終年度の益金に基づき、最終の配賦額として算出されることもあります。 ただし、統合後の企業の株主に対する合併交付金の支払いは存在しません。