目視では捉えられない、かつ顕微鏡などを用いて調査される微細生物の全体を表す言葉となります。通例、細菌や菌類(例:酵母やかびなど)、原生動物(例:原虫類など)、ウイルスなどを示し、一部では藻類も含まれることがあります。それらの中には、ヒトをはじめとする動植物に病原性を持つものも存在します。食品安全性の観点から問題となる微生物としては、サルモネラ属菌や黄色ブドウ球菌などの細菌、トキソプラズマなどの原虫類、真菌の一種であるかび、ノロウイルスなどのウイルスなどが考えられます。’