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「二次汚染」とは、すでに調理が済んだ食品が原材料と接触し、病原微生物による汚染を受ける現象を指します。一例として、調理器具や調理者の手を経由してある食品（如何に肉や魚など）から他の食品（例えば野菜など）へと微生物が移動するケースが挙げられます。さらに、食品や飼料の製造過程で他の食品や飼料用の原材料、あるいは汚染物質が混入する場合もこの「二次汚染」の範疇に該当します。特にBSE（狂牛病）においては、飼料工場等で反芻動物由来の肉骨粉が混ざり込む交差汚染を防ぐことが最も重要な対策と考えられています。